涙に含まれるリゾチームが菌の細胞壁を溶かすからです。
なお、リゾチームは鼻水や母乳にも含まれています。
鼻をかみすぎると鼻の下がヒリヒリしたりしますよね。
これは鼻の下についた鼻水の中のリゾチームが鼻の下の細胞壁を壊しているからなんです。