一番の理由は、高床にすることで風通しを良くして湿気から穀物を守るためです。
また、高床式の柱にねずみ返しをつけることでそういった生き物から穀物を守ることもできます。

余談ですが、海外だけど永久凍土のあるところでも高床式の建物はあって、そこでは家の暖気が地面にいって永久凍土が融けることを防ぐために高床式にしてるみたいです。