軍隊の質の違いと言われています。
清の軍隊は、いわゆる国軍というより、李鴻章の私的な軍隊というイメージでした。国家vs清の有力者が、国内で権威を保つための軍隊　というイメージです。組織としてしっかりしてる日本が勝てたということだと思います。