幕藩体制と言うのは一番上に幕府があり、武家諸法度などで藩を支配し、その他諸々の法令で幕府が日本を治めていた体制です。その為、幕府とすると朱子学と言う思想に基づいて「上下定分の理」と言う概念が定着してくれた方が「幕府→藩→庶民」と言う上下関係が明確にされて統治がしやすいからだと思います。