カトリックのイエズス会系の宣教師はカトリックの南蛮国(スペイン・ポルトガル)の貿易船に乗って来日するから。
南蛮船は、布教ＯＫの大名領の港に入港し、布教ダメの大名領の港には行かない。布教拠点となる教会などは貿易品の倉庫も兼ねる。

キリスト教の宣教師は、布教の手段として南蛮のものを利用しました。というのも、
日本にはない凄いものを見せる→何だこれ？？凄いな！ってなる→こんな凄いものを持ってる僕たちが信仰してるのはキリスト教だよ！君たちも信仰してみない？って言う→じゃあキリスト教徒になる！
というような流れを目的としていたのではないでしょうか。
日本側(信長や秀吉など)としては、とりあえずキリスト教を信仰するかは別として、宣教師とやり取りをしていれば南蛮の珍しい品物が入ってくるため、むしろ歓迎ですし、南蛮の品は日本では珍しく、高値で売れるため貿易の品としては良かったのではないでしょうか。

個人の意見になってしまいますが……どうでしょうか？