キリスト教の考えには人はみんな平等という考えがあり、厳しい差別をしている日本(幕府)はその考えが広がると幕府の都合が悪いからです。(諸説あり)

諸説ありますが、キリスト教の反乱、というよりは、一向一揆(キリスト教ver)を恐れたんだと思います。キリスト教信者は、身分の低い者が多かったのです。