itは、「すでに出たものを指す」
the oneは「似たものの中から特定の一つを指す」
っていう違いです！
例えば
A: Do you like this book?
B: Yes, I love it. → 単に「うん、それ好き」

A: Which book do you want?
B: The one with the red cover. → 「赤い表紙のやつ」

Do you like〜の文の方は、単純にその本が好きっていう意味の「その」の部分でitを使う。

Which book〜の文の方は、複数の選択肢を出した中から、赤い表紙のやつって一つのことを特定してる時にthe oneを使うって感じですね！