この選択肢の中にhad knownがあれば２つと正解だと考えられると思います。勿論意味が変わります。

現在完了
We have known each other 〜
入学した以来ずっと知り合い。
今現在知り合いです。今を軸に、ある過去(ここでは入学)からずーっと知り合いだと継続してます。現在完了は、過去を引きずって今のことを言う言葉です。

We had known each other〜
入学した以来ずっと知り合い。だけど今知り合いじゃ無いです。入学後、どっかのタイミングで縁切ってます。
この大学に入学した以来私たちは付き合いがあった。←今はおわってる。

または、時の逆走も出来ます。
We had known each other for about thee years before we entered this college.
この大学に入学する前に、3年ほどの付き合いがあった。←今とは繋がってない。過去と過去の区間。