「1時間泳いだこと」が 「とても疲れたこと」より前に起こっているからだと思います。時間差を明らかにしたい時はhaving +過去分詞で表します。
分詞構文への書き換えでswimming for an hourとすると、(a)でafterを使うことによって定まっていた出来事の前後関係が分かりにくくなります。
ただ、swimming for an hourでも同じような意味にはなるので間違いではないです。前後関係がより分かりやすくなるhaving +過去分詞で答えることが求められる問題なんだと思います。