カラー筆ペンは自分は使ったことがないんですが、自分ならノートや、ルーズリーフの授業や、自己まとめのタイトル（大見出し）として使います！
筆ペンは遠くで見てもわかりやすいと言うのが特徴なのでそれを生かして、大見出しにカラー筆ペンを使ってみるといいと思います！
あと、もし何色かあるのであれば、教科ごとに色を変えてみるとぱっと見でなんの教科がわかりやすくなると思います！